Die ältesten Ansiedlungen auf dem heutigen Deggendorfer Stadtgebiet befinden sich südlich der Donau. Auf dem Natternberg reichen die Spuren bis in das ältere Neolithikum (Linienbandkeramik, 6. Jahrtausend v. Chr.) zurück. Überreste der Altheimer Kultur, die dem 3. vorchristlichen Jahrtausend angehört, fanden sich westlich von Fischerdorf. Unweit davon entfernt lag ein großes bronzezeitliches Gräberfeld (ca. 1500 – 1200 v. Chr.). In der nachfolgenden Epoche, der Urnenfelderzeit (1200 – 700 v. Chr.), wurde der Natternberg befestigt. Zu seinen Füßen entstand eine ausgedehnte Siedlung. Die Hallstattzeit (700 – 500 v. Chr.) hinterließ neben vielen Siedlungsspuren auch einen befestigten Herrenhof im Bereich der heutigen Autobahntrasse. Erst während der keltischen Zeit entstand nördlich der Donau eine erste dauerhafte Niederlassung. Sie lag im Bereich der heutigen Pfarrkirche Mariä Himmelfahrt.
1002 erfolgt die erste urkundliche Erwähnung Deggendorfs. König Heinrich II. bestätigt dabei dem Kanonissenstift Niedermünster in Regensburg seinen Besitz in Deggendorf.
Im 12. Jahrhundert entstand im nordöstlichen Bereich der heutigen Altstadt eine erste Ansiedlung, die durch die Ausgrabungen der Stadtarchäologie nachgewiesen werden konnte. Eine ganze Anzahl von Töpferöfen, die sich auch noch jenseits der späteren Stadtgrenze fanden, lassen die Vermutung zu, daß es sich hier um eine vorstädtische Handwerkersiedlung handelte, aus der sich im Laufe des 13. Jahrhunderts die Stadt Deggendorf entwickelte. Diese Ansiedlung fällt zeitlich zusammen mit der intensiven Besiedlung des mittleren Bayerischen Waldes, wofür Deggendorf sicherlich eine zentralörtliche Funktion besaß.
1242 bis 1246 sterben die zwei bedeutendsten Geschlechter aus, die in Deggendorf besitzend waren. Sowohl die Babenberger als auch die Grafen von Bogen beerbten die Wittelsbacher mit ihrem Nachlass, weshalb Deggendorf in dieser Zeit eine wittelsbachische Stadt wurde. Diese förderten die Stadt durch Privilegien wirtschaftlicher und rechtlicher Art und befestigten sie nach außen hin.
1316 verlieh die Witwe des Herzogs Otto III., Agnes, Deggendorf das Stadtrecht. Da man die Rechtsgültigkeit dieser Stadtrechtsverleihung jedoch bezweifelte, ließ sich diese die Bürgerschaft 1320 von den drei gemeinsam regierenden Herzogen Heinrich XIV., Otto IV. und Heinrich XV. erneut bestätigen. Als hervorragendes Privileg dieses Stadtrechts ist das Recht auf Selbstverwaltung zu nennen.
1338 begann der Bau der Grabkirche „Peter und Paul“. Den barocken Turm baute 1722 – 1727 der Münchner Baumeister Johann Michael Fischer nach Plänen von Jakob Pawanger und Johann Gunetzrhainer.
Schwere Zeiten erlebte die Stadt im 17. und 18. Jahrhundert durch die Schwedeneinfälle im Dreißigjährigen Krieg und im österreichischen Erbfolgekrieg. Dabei ging die Stadt wiederholt in Flammen auf.
Nach der im Jahre 1775 erstmals durchgeführten Volkszählung beherbergte die Stadt 481 Familien mit insgesamt 2300 Einwohner innerhalb ihrer Mauern. 1935, nachdem Schaching nach Deggendorf eingemeindet war, überstieg die Zahl der Einwohner erstmals 10000.
Im 19. Jahrhundert verbesserte man durch den Bau der Ruselstraße (1815 – 1817) und einer eisernen Donaubrücke (1859 – 1863) die Infrastruktur Deggendorfs entscheidend. 1866 schloss sich Deggendorf auf Betreiben einer Interessengemeinschaft von Deggendorfer Bürgern an das Eisenbahnnetz nach Plattling an. Der Bahnhof lag damals noch in Fischerdorf und erst nach dem Bau einer Eisenbahnbrücke über die Donau 1877) konnte dieser aufgelassen werden.
1879 wurde Deggendorf kreisunmittelbar, verlor die Kreisfreiheit 1940 und erhielt sie wieder 1948. Zum 1.7.1972 wurde der Stadt die Kreisfreiheit erneut entzogen und ihr der Titel „Große Kreisstadt“ verliehen.
